实施标准化生产是发展我市食用菌生产的战略举措和主要途径。我市通过制定标准、组织管理、建立服务体系和实施品牌战略等一系列措施，使食用菌生产逐步走上标准化轨道，实现了农业产业化。
一、积极推进“农业三品”认证。
近年来，我市食用菌办把推进“农业三品”认证作为食用菌标准化工作的一个重要抓手，引导、指导龙头企业申报“农业三品”认证。并辅导企业建立健全基地管理、农业投入品管理制度、生产记录等。今年新增福建仙芝搂生物科技有限公司的12个产品通过中绿华夏有机食品认证中心的有机食品认证，闽侯大春农科贸食用菌有限公司的蘑菇、福州永丰菌业有限公司的金针菇通过绿色食品认证，闽清福野山珍食用菌有限的金针菇通过农业部无公害农产品认证。截至目前，我市已有1家企业的12个产品通过有机食品认证，3家企业4个产品通过绿色食品认证，3家企业的3个产品通过无公害农产品认证。福州食用菌“三品”认证家数达7家19个产品，位列全省第一。
二、建立国家、省级食用菌标准化示范区，提高产品质量和竞争力。
我市新增3个国家级食用菌农业标准化示范区，它们分别是：永泰的金针菇、闽侯的蘑菇和罗源的秀珍菇。按照有认证、有规模、有优势，提高产品市场竟争力的要求，长乐的蘑菇、闽清的金针菇和连江的金针菇列入2008年福建省级农业标准化示范区。将从优良菌种的选择、栽培环境、生产投入品的选用、生产过程控制等方面进行标准化示范。
