食用菌菌种生产，一般先由孢子分离或组织分离培育出母种，再将母种扩大到培养基上得到原种，然后原种由熟料培养成生产上使用的栽培种，或称一级、二级和三级菌种。但一些适应性强、菌丝生长快的菇类和平菇、草菇、凤尾菇等，其栽培种可通过子实体直接繁殖或生料直接生产，既快速方便，又降低了成本。
子实体繁殖法。用菇体组织直接生产菌种，方法简单，时间短，遗传性稳定。在缺乏原种的情况下，可作为一种应急措施。具体操作时，把已经表面消毒，未释放孢子的子实体，削掉菌的柄表皮，切成0.5立方厘米大小，取一块接入已灭菌培养基内，在23-25℃下培养20-25天，待瓶内培养基布满白色菌丝时使用。每公斤平菇菌种可接80-100瓶栽培培种。
生料栽培法。在燃料缺乏的地方，宜采用此法。选择新鲜无霉变的棉籽壳，放在阳光下曝晒2-3天，随后取粉剂多菌灵，以少量酒精调成糊状后配成0.1％浓度的多菌灵溶液，与10-30％浓度的石灰水共同与培养料拌匀，装进事先经高锰酸钾、酒精消毒过的瓶内或塑料袋内。接种时分层或表面接和睦匀可，接种量为熟料的3-4倍。如在不超过20℃的适宜温度下，经1个月左右，菌丝即可布满培养料。
